马英九基金会于2026年3月27日成立由三人组成的专项调查组，针对前执行长萧旭岑及前副执行长王光慈涉嫌违反财务纪律进行调查，指控包括挪用公款及背信行为 [1, 2, 3, 4]。调查过程中遇到部分人员配合不全、文件缺失及拒绝采访等困难 [5]。
5月24日，调查组发布报告，结论称没有确凿证据证明萧、王有挪用资金或违反财务规定，理由包括萧未直接处理财务事项，王亦提交完整财务资料 [5, 6, 7, 8, 9]。对此，基金会董事长马英九反驳报告结果，指其与基金会掌握的具体证据不符，表达遗憾并宣布计划对萧、王提起相关诉讼 [7, 10]。
同一天，由马英九指定的前国家安全会议秘书长金溥聪与现任执行长戴霞龄召开记者会，发布包含马英九亲笔授权信及萧旭岑涉嫌接受台商资金的照片等证据。照片显示萧与台商韩应桓持现金合影，同时指控王于2025年年底发放未入账大额现金奖金，金额约新台币170万至200万元，另有王在2025年底至2026年1月期间两次领取共计120万元现金的质疑 [8, 11, 9]。
萧旭岑坚决否认所有指控，表示“清清白白，白布不能染黑，所有事情都经得起检验”，感谢马英九信任，誓言对散布不实信息者采取法律行动，“我能够忍，也忍到现在” [2, 10]。王光慈亦表达类似立场。
基金会内部还涉及萧与王未经马英九知情多次赴大陆访问，包括萧于2025年以国民党副主席身份会见大陆国务院台湾事务办公室主任宋涛，但萧称所有行程均获报告并公开报道，两方对此存在分歧 [8, 11, 9, 12]。
另一方面，马英九妻子周美青与胞姐马怡男于5月21日发表公开声明，交由基金会董事会处理所有事务，并希望马英九能够退休安享晚年 [2, 3, 4]。马英九本人则否认患失智或能力受损，称家人未经本人同意发表声明，强调基金会应招募新董事以恢复公信力 [3, 4]。其家属曾于5月15日向台北地方法院申请辅助宣告，以保障马的法律权益，但法院尚未做出裁定 [5, 12]。
5月11日，马英九亲自电话催促调查组加快进度，并邀其参加5月21日董事会汇报调查结果 [1]。5月25日，马英九委派团队召开记者会公布证据，加强对萧、王的指控 [8, 11, 9]。
目前，基金会内部与家属间的纷争持续发酵，法律程序进入下一阶段。相关诉讼与法院对辅助宣告的裁定是未来关键进展。
