日本与菲律宾于2026年5月28日宣布，正式启动针对专属经济区（EEZ）及大陆架海洋边界的谈判，涉及重叠台湾东部海域的部分区域 [1, 2, 3, 4, 5]。台湾陆委会副主任委员沈有忠表示，台日菲三方已有既定协定，台湾主权及渔权不会受到此谈判影响。沈有忠强调，“台湾主权与渔权绝不受日菲专属经济海域与大陆礁层划界谈判影响，真正威胁是北京藉此议题扩大海警及军机舰对台灰色地带侵扰” [1]。
台湾外交部也发表声明，重申台湾对相关海域的主权与渔权不变，呼吁日本和菲律宾应与台湾协商相关事宜，以维护地区和平与秩序 [1, 2, 4]。另一方面，中国持续强化在台湾东部海域的海警及军事活动，以日菲谈判为借口，推行“一个中国原则”，加大对台湾的压力和干扰 [1, 6, 2, 3, 4, 7]。台湾官员对此谴责中国的行为是“灰色地带骚扰”，严重威胁台湾主权和区域安全 [1, 6, 2, 3, 4]。
日本台湾交流协会6月8日确认，日菲EEZ边界协议在国际法上仅约束双方，不具有法律效力约束第三方，包括台湾 [8, 9]。日本官房长官木原稔9日重申，日菲边界划定仅界定双方权利义务，“并不会在法律上约束第三方，在国际法上不存在任何问题” [9]。
尽管法律层面未约束台湾，但专家指出，日方国内海上执法可能会对台湾渔船实施限制，增加台湾渔民实务上的风险 [5]。因此，台湾积极推动加强东部海域海上执法能量，并建议设立台湾、日本、菲律宾三方海上事故避免机制，以降低冲突风险 [5]。
面对中国以军事和海警手段施压，台湾方面强调必须维护区域和平，反对任何一方以武力或胁迫单方面改变现状 [1, 2, 3, 4]。中国交通部门6月6日开始在台湾东部近海展开“台湾岛东海海上交通专案执法行动”，部署海警船只进行巡逻，而非军舰 [7]。
台湾代表于6月3日与日本官员会面，重申日本立场，日菲协议不对台湾有法律约束力，显现台湾多边外交努力保持相关认知的连续性 [5]。未来，台湾将继续与日菲加强沟通，推动相关机制运作以防范海上纠纷。
